间指向了2030年，自从爆发第四次世界大战以来，各国的政治力量发生了根本性的变化，由于战乱不断，激增的难民终于获准进入日本，以填补因经济不断发展造成的劳动力短缺。而就在此时，一个自称“个别的十一人”的恐怖组织展开了一系列极端袭击事件，难民营、外国领事馆、甚至是总理都遭到了恐怖袭击…… 难民抵抗运动的新领导人，同时也是“个别的十一人”的神秘前成员到底是谁？九课所掌握的众多线索也渐渐揭露了令人震惊的事...

2045年。震撼所有国家的经济灾难“全球同步默认”的发生，以及人工智能的爆发性进化，世界进入了有计划、可持续的战争“战斗”。但是，人们在日常生活中感受到AI带来的人类灭亡的危机时，还没有衰退的迹象——。在经历了内战和纷争，在废墟横亘的美洲西海岸，全身义体的机器人草剃素子和baatu们原是公安9课的成员。对于属于对电脑犯罪和恐怖袭击的攻击性组织，并炫耀卓越的电脑战斗技能的她们来说，这个时代就是这个世...

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾，与沉默寡言的绫波丽不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话，他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生，不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣...

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机...

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机...