为了调查和反抗“海迪安”，人类组织起了名为“N.I.D.F.”的国际防卫组织，战斗机驾驶员哀羽修他们，就这样被卷入了与“海迪安”之间的战斗。 N.I.D.F.的科学主任流姬那由乃所调查的“死者之书”中究竟写了什么？它和“海迪安”之间又有什么关系？ 现在，赌上人类未来的壮绝的战争即将开始……...

故事发生在一个虚构的世界“庭园”之中，神秘的力量令一部分的人类获得了特异功能，“圣战天使”是传说中早已经失落的种族，他们能够变身成为超强的武器，通过和人类的合作进行战斗，如今，这一种族竟然渐渐开始了复苏。 库（石田彰 配音）是一位平凡而又善良的少年，某日，他邂逅了名叫蕾（高桥美佳子 配音）的神秘女孩，原来，蕾正是“圣战天使”中的一员，她请求库带她重回圣地“艾迪鲁庭园”，就这样，难辞其咎的库和蕾踏上...