故事发生在天保14年的江户。当时在老中?水野忠邦实施的财政紧缩政策之下的老百姓生活在极度困扃中。国内government的压迫，加上外国殖民者入侵的威胁，在江户的大街小巷中弥漫着一种不安的气氛。在不为世人所知的地下，存在着一个秘密的神社。这个神社表面上对外称是对外国传入的学术文化进行研究调查的『蛮社改所』，而实际上则是专门对付各国潜入日本的『妖夷』，并负责将他们秘密抹杀的government隐蔽机...

被称之为「蓝色城区」的未来城市－－在那里，有个每到晚上就停电而被黑暗笼罩的城镇－－「夜之镇」。 夜之镇的少年真田叶直一直在一个叫做须蜂贺运送的快递公司打工。有一天，叶直接触了一件昂贵的货物，一个被称之为「GAD'」的神秘物质。之后，「GAD」自我分裂，吞噬了周遭的金属物，变成了一个巨大的人形机器「铁钢人闪电」。从那天以后，叶直的面前便出现了许多其他的铁钢人操纵者。使用铁钢人「零」进行大肆破坏的刃，...